El equipo compuesto por especialistas en topografía computarizada, fotografía aérea y magnetometría ha sido dirigido por el Prof. Dr. Krzysztof Misiewicz de la Universidad de Varsovia ha usado dos tipos de magnetómetros, fluxgate y gradiómetro de Cesio. La mayor parte de reconocimiento se ha hecho con el gradiómetro de Cesio que tiene la particularidad de registrar cada 12.5 segundos los valores de campo magnético terrestre con impresionante precisión y hasta la profundidad de aproximadamente 5m debajo de la superficie. El gradiómetro fluxgate se ha usado adicionalmente para reconocer anomalías magnéticas, muros de piedra, adobe, fogones, pisos de arcilla y metales, hasta la profundidad de 1.5m. Dado que las áreas reconocidas tienen que estar previamente cuadriculadas y orientadas según puntos cardinales, y hay que evitar además áreas con el terreno accidentado se ha escogido una zona de extensión de 8 ha a lo largo de la Segunda Muralla. 

La prospección con los gradiómetros ha demostrado que la densidad de vestigios arquitectónicos se incrementa a medida de que nos acercamos a la Segunda Muralla. Esta se sobrepone además a algunos rasgos arquitectónicos anteriores lo que coincide con los resultados de nuestras excavaciones en las dos portadas de la Segunda Muralla. Recordemos que se ha podido demostrar que la muralla con las dos portadas fue construida durante el Horizonte Tardío. Muchas estructuras de traza ortogonal detectadas guardan la orientación similar que las pirámides con rampa y la Segunda Muralla. Hay sin embargo otras, cercanas al sector de las estructuras de adobitos de Lima Medio y Tardío (Maranga) frente al actual museo de sitio.