Desde hace más de 20 años el PATL ha ido desarrollando diferentes áreas de investigación de manera paralela. Muchos de estos trabajos han sido desarrollados dentro del mismo proyecto y otros con proyectos afiliados. Estudiantes, tanto de pregrado como de posgrado de la PUCP así como estudiantes de otras universidades peruanas y extranjeras han completado sus investigacinoes dentro del marco del PATL y han desarrollado, junto con el Dr. Makowski, líneas específicas de investigación.

Dentro de las principales áreas de investigación tenemos:

• Arqueometría
• Detección Remota
• Comportamientos Funerarios
• Sistemas de Información Geográficos
• Urbanismo prehispánico